HUGOのsite直下で。

% HUGO_ENV=production hugo 生成して
% find . -name '.DS_Store' -type f -ls -delete .DS_Storeファイルを削除して
% aws s3 sync ./public/ s3://bucket/path --delete --profile profile_name S3に同期

（2021年11月6日追記）
　しばらくは都度コマンドを叩いて出力内容確認してましたが、問題なさそうなのでシェルスクリプト化。

#!/bin/sh

echo "Start upload"

# ディレクトリ移動　※スクリプトはあげる必要ないので、ファイル一式の上の階層に
cd ./hugosite_dir/

# 生成
HUGO_ENV=production hugo

# .DS_Storeファイルの削除
find . -name '.DS_Store' -type f -ls -delete

# S3に同期　※bucket/path と profile_name は要変更
aws s3 sync ./public/ s3://bucket/path --delete --profile profile_name

echo "Upload complete!"